Bernhard Moosbauer studierte Schulmusik, Komposition, Musikwissenschaft und Barockvioline in Stuttgart, Tübingen und Straßburg. Er widmet sich hauptsächlich der Kammermusik des Barock und spielt außerdem in diversen Ensembles und Orchestern mit Originalinstrumenten im süddeutschen Raum.
Seine Forschungsschwerpunkte sind die Instrumentalmusik des 17. und 18. Jahrhunderts und die Sinfonik der Wiener Klassiker. Er ist mit Editionen von Werken Corellis, Vivaldis, Bibers und Händels sowie mit Fachartikeln und Buchpublikationen hervorgetreten. Bei Bärenreiter erschien seine Monographie zu Vivaldis "Vier Jahreszeiten" (BVK 1583).