In einer Welt, die insgeheim von den Bösen regiert wird, sind Doom, Hawkeye, America Chavez, Thor, She-Hulk und ihre Mitstreiter die heldenhaften Ultimates. Ohne ihren Anführer Iron Lad muss es das Team nun mit den Guardians of the Galaxy aufnehmen, den größten Helden des 61. Jahrhunderts. Außerdem tobt ein Krieg um Asgard, während Nick Fury und die HAND für die Welt des Makers "Terroristen" bekämpfen.